為了獲得某種真菌類藥材的純菌種，必須從其它微生物中分離出來，稱為菌種的分離。常用的孢子分離又可分為以下幾種方法:

1 .褶上涂抹法:選取新鮮、健壯、未開傘、未破裂的子實體，洗凈后用0 . 1 %sheng汞或75 %酒精表面滅菌2 分鐘，然后連同培養基一起放入接種箱內，經福爾馬林熏蒸消毒12 ~ 24 小時，再按無菌操作技術將接種環在子實體菌褶上涂抹，把涂抹后帶孢子的接種環在培養基上劃線接種，，最后置于25 ~ 28 ℃恒溫箱內培養，可得純菌種。

 2 .孢子印采集法:取滅過菌的載玻片、試紙或黑布，置于新鮮、未開傘或未開裂的子體菌褶的下方。經24 小時后，便落下孢子，形成印痕(即孢子印)。然后，用接種環或玻璃棒蘸取孢子，接種在平面或斜面培養基上，進行恒溫培養，可得純菌種。

3 .孢子收集器采集法:孢子收集器由玻璃鐘罩、培養皿、三角架、搪瓷盤等組成。鐘罩下為一搪瓷盤，直徑25 厘米左右，盤內先墊襯4~6 層紗布，中央放1 副9 厘米直徑的培養皿，大蓋口朝下，上放小的，口向上。然后，在上面小的培養皿上放1 只鉛絲繞成的三角架，再將帶孔的玻璃鐘罩蓋上，頂上罩孔用棉塞塞好，最后，用紗布包好整個孢子收集器，置于高壓滅菌鍋或蒸籠內滅菌2小時。

孢子收集器滅菌消毒后，放入無菌室或無菌箱內。然后，用小刀割取1 塊4~5 厘米大小的子實體，插在收集器內的三角架頂上(若無孢子收集器，也可用培養皿代替)。再置于溫度24 ~26 ℃下培養24 小時，培養皿中便可見到白色粉狀物，此即為孢子。此時，可將孢子收集器再移至接種箱內，取出培養皿，蓋好，并在培養皿內加入10 ~ 20 毫升的無菌水，使孢子散于本中，成為孢子懸浮液。然后，再用無菌打針筒或吸管吸取孢子懸浮液，接種于試管斜面培養基上，每管注2 ~ 3 滴。置于24 ~ 26 ℃溫度下培養5 ~ 7 天，培養基上便可長出白色菌落。待菌落直徑有0 . 5 厘米時，選健壯的菌落，再移接于另一試管的斜面培養基上培養。當白色菌絲長滿試管時，便得純菌種。