1.質粒DNA或混和液中含有血清。 對策：用無血清培養基或Opti-MEM培養基。
2.質粒DNA和轉染試劑的比率不是zui優 對策：對大多數細胞而言，質粒DNA和轉染試劑的比例為1:2-1:3，一般要做優化實驗，比例從1:0.5-1:5 逐一檢測。
3.質粒DNA 已部分降解或質量不夠好 對策：用好的質粒純化試劑確保質粒DNA質量，正確保存，確保質粒DNA不被降解。
4.轉染試劑選擇不當。建議選用效率高，毒性低的轉染試劑，比如Entranster試劑。
5.細胞密度不是*，優化細胞密度。
6.混和加入細胞中不含血清。在轉染過程中使用含有血清的培養基，細胞狀態良好有利于轉染效率的提高。
7 .轉染體系中含有抑制物 轉染體系中不應包含EDTA、檸檬酸、磷酸鹽、RPMI、硫酸軟骨素、透明質酸酶、硫酸葡萄糖聚酶及硫酸化蛋白聚糖
8.檢驗轉染效率及表達的方法有問題 使用報告基因來檢測轉染效率，報告基因使你確定目標基因的表達
9.啟動子及增強子不被包裝細胞識別。確認你構建質粒上的啟動子增強子與靶細胞相容。
10.轉染試劑保存不正確，轉染試劑保存在4℃。