氣相色譜儀基線扭動指基線上下扭擺不停超出標準范圍、無法走直穩定。發現氣相色譜儀基線扭動時，請先檢查電網電源是否有異常波動或突變，特別是在同一電網電源上接有大功率裝置時，更要注意。同時檢查氣相色譜儀的接地是否正確并且良好。

A.將火焰熄滅之后基線如果還是扭動：

1).檢查檢測器是否被污染，如果污染請進行清洗。

2).檢查檢測器的溫度是否正常，必要時檢測器進行老化。

3).檢查是否離子信號線故障、放大器電路板故障、輸出信號線故障、積分儀/工作站故障。

B.將火焰熄滅之后基線停止扭動，降低色譜柱箱的溫度扭動幅度卻不變小：

1).檢查使用的空氣是否有污染現象，注意更換氣體過濾器的過濾劑，及對空氣壓縮機進行放水。

2).檢查空氣壓縮機的起動與基線扭動有沒有關系，否則維修空氣壓縮機。

3).檢查檢測器是否被污染，如果污染請進行清洗。

4).檢查檢測器的溫度是否正常，必要時檢測器進行老化。

C.降低色譜柱溫度后基線扭動減少，但降低進樣器溫度扭動幅度卻不變小，則基線扭動的原因與色譜柱或載氣有關：

1).檢查載氣是否污染或流量不正常。

2).檢查色譜柱安裝連接部分或進樣墊部分是否有漏氣現象。

3).檢討是否色譜柱老化不足，必要時對色譜柱進行老化。

D.降低進樣口溫度之后基線扭動減少，要考慮是否進樣口有污染現象：

1).如果確認進樣器污染，請進行清洗。

2).更換新的進樣墊。

3).檢查進樣器溫度是否波動。