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染色質開放性測序(ATAC-seq)

來源:藍景科信河北生物科技有限公司   2025年04月30日 09:45  

技術簡介

染色質開放性測序(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing,ATAC-seq),一種用于檢測染色質開放性的高通量測序技術,通過Tn5轉座酶切割并標記開放的染色質區(qū)域,從而揭示基因組中調控元件(如增強子、啟動子)的位置和活性。

技術原理

在真核生物中,DNA并不是裸露存在的,而是與組蛋白等結合形成染色質。染色質的結構狀態(tài)會影響基因的表達,那些處于開放狀態(tài)的染色質區(qū)域,更容易與轉錄因子等蛋白結合,進而啟動基因的轉錄過程。

ATAC-seq利用Tn5轉座酶識別并切割染色質中開放區(qū)域的DNA,切割后的DNA片段直接用于文庫構建和測序。測序結果通過生物信息學分析,可以確定基因組中開放染色質區(qū)域的位置和特征。

應用領域

基因組圖譜繪制:在全基因組范圍內精確繪制不同細胞類型、發(fā)育階段及生理病理狀態(tài)下的染色質可及性圖譜,展現(xiàn)染色質開放狀態(tài)的變化。

轉錄因子研究:借助染色質開放區(qū)域與轉錄因子結合的緊密聯(lián)系,挖掘潛在的轉錄因子結合位點,探究其在基因調控中的作用機制。

基因表達調控分析:通過關聯(lián)染色質可及性變化與基因表達數(shù)據(jù),深入研究基因表達調控機制,發(fā)現(xiàn)新的順式作用元件和反式作用因子,以及它們在細胞分化、發(fā)育和疾病發(fā)生過程中的動態(tài)變化。

疾病機制探索與標志物發(fā)現(xiàn):在疾病研究中,通過對比疾病細胞與正常細胞的染色質可及性差異,揭示疾病發(fā)生的表觀遺傳機制,尋找潛在的疾病標志物和治療靶點。

技術流程

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分析流程

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部分結果示例

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