全自動菌落計數儀因其使用的自動化程度高、分析結果可核對、樣品信息可留存等，已逐漸被越來越多的科研院所、衛生疾控部分所喜愛。如何選型，才能獲得性能的菌落計數儀，并取得高性價比呢？這得從該類儀器的原理來解釋。現今面市的所有全自動菌落計數儀均是采用成像分析法實現自動計數的，即由所組成，這二塊內容的任何一塊上出現失分，都會嚴重影響計數分析結果的穩定性。
一、成像硬件的選型
成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數。現今的成像硬件有拍照成像的、掃描成像的。由攝像頭拍照成像的優點是：成像速度快，能確保在0.5秒內獲得菌落圖像。由單反相機、卡片機拍照成像的優點是：能自動對焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的時間。然而，拍照成像的致命弱點是：成像環境中的光線強度，無論是暗視野，還是背光，想要做到圖像中心與邊緣保持一致，是不可能的。從而引起平皿上亮度的不一致，這就嚴重干擾了菌落目標的自動識別。因此，如果要選購拍照成像的，其分析軟件就一定要具有背景矯正功能，全自動菌落計數儀以便自動改善成像的效果。
掃描成像與在燈箱中營造均勻面光源不同，是將線光源通過移動變成面光源的，因此光線強度非常均勻，其均勻度通常比拍照燈箱的面光源要高一個數量級，從成像硬件的根本上解決了菌落目標的亮度不勻問題，因此計數分析非常穩定。目前，以300dpi分辨率（3482×2396像素成像）掃描6個90mm直徑平皿的速度，暗視野成像約12秒、背光成像約20秒，就其成像速度而言，與單反相機、卡片機拍照成像的速度相當。
由于掃描成像的光線均勻度遠遠高于拍照成像，為獲得高質量的成像效果，以便實現“傻瓜式”分析。掃描成像的另一優點是：成像分辨率可調，單平皿成像較高可達4800dpi（即：25.4/4800=0.00529mm/像素），是任何拍照成像遠不及的。可以預期：掃描成像將很快成為主流選擇。
二、分析軟件的選型
分析軟件是全自動菌落計數儀的另一塊核心成分。因為菌落生物的存在多樣性，在培養基上的表現或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟件選型上要考慮：對于各類成像干擾的自動排出能力。比如：是否能自動矯正背景，等等。另外，對于嚴重粘連在一起的團裝、鏈狀分布菌落，將其自動分割開來的水平，也是評價分析軟件的考量指標。尤其是：對于同類菌落的“一鍵”化的智能分類計數能力，以及對于全自動菌落計數儀數分類的自動識別學習能力，更是評價分析軟件的關鍵考量指標。現在比較好的分析軟件，還集成了對6個90mm直徑平皿的抑菌圈全自動測量功能，以及對抗生素效價分析、藥敏分析功能，可避免用戶重復購置成像用的硬件。一般分析軟件都具應具備對于分析結果和標記圖像的保存、查看功能。
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