高效液相色譜儀作為一種高精密儀器，如果在使用過程中不按照正確操作的話，就容易導致一些問題。
　　1.氣泡
　　但時常HPLC導液管中會有氣泡存在，這會造成色譜圖上出現尖銳的噪聲峰，嚴重時會造成分析靈敏度下降；氣泡變大進入流路或色譜柱時會使流動相的流速變慢或不穩(wěn)定，使基線起伏。造成影響上述問題現象的主要分析原因有三條：一是企業(yè)流動相溶液中往往因溶解有氧氣或混入了一個空氣而形成氣泡；二是管理系統(tǒng)設計開始進行工作時未能將流路中的空氣驅趕干凈；三是在注入樣品時不注意混入了中國空氣。
　　為了避免這類問題的出現，HPLC實際分析過程中必須重視對流動相進行脫氣處理；在HPLC系統(tǒng)開始工作前，可以用注射器連接恒流泵的排空閥，抽入流動相，將流路中的空氣驅趕干凈；在注入樣品前注意排出樣品注射器中的空氣。
　　2.柱溫
　　在操作HPLC時，色譜柱是在室溫環(huán)境下工作的。大多數工作環(huán)境的溫度是不斷變化的，溫差會引起更復雜的問題。溫度的影響在所有的色譜分析方式中都是存在的，本文就來討論液相色譜方法中的梯度洗脫方式受溫度影響的問題。
　　等度洗脫時溫度會影響保留時間，當溫度升高時所有的色譜峰都前移了，等度洗脫時一般溫度每升高１℃，保留時間會縮短（1~3）％。溫度變化對梯度洗脫和等度洗脫的影響趨勢相同。溫度環(huán)境變化對梯度進行洗脫的影響要小于一個對等度洗脫的影響。即使如此，如果梯度洗脫不控制溫度，保留值一般會有較大的變化。溫度變化也可能導致選擇性的顯著變化。
　　正如柱不平衡導致保留時間重現性差，柱溫不平衡導致不良后果，尤其是峰寬。當溫度的變化加上選擇性和保留時間的變化，峰寬也會發(fā)生變化。升高溫度通常會使學生理論塔板數升高，峰寬變窄，由于峰面積不變，峰越窄就會越來越高，因此不斷升高溫度變化可以通過達到一個更小的檢測限。
　　柱子里的溫度變化也會影響峰形。當柱與流動相之間的溫差增大時，由于溫度不平衡引起的峰值變形加劇。

　　為了得到一致的結果，我們必須控制塔溫，使用塔溫箱是一種較好的方法。如果沒有柱溫箱，比較有效的辦法是將色譜柱隔離在溫度波動小的地方。